I lindur më 8 shtator 1969 në qytetin verilindor të Mashhadit, Mojtaba është i dyti nga gjashtë fëmijët e Ali Khameneit.

Ai mori arsimin e mesëm në Shkollën Fetare Alavi në Teheran, shkruan BBC.

Në moshën 17 vjeç, Mojtaba shërbeu në ushtri për disa periudha të shkurtra gjatë Luftës Iran-Irak, sipas mediave iraniane. Konflikti i përgjakshëm tetëvjeçar e bëri regjimin edhe më dyshues ndaj SHBA-së dhe Perëndimit, të cilët mbështetën Irakun.

Në vitin 1999, Mojtaba shkoi në Qom, një qytet i shenjtë që konsiderohet një qendër e rëndësishme e teologjisë shiite, për të vazhduar studimet e tij fetare. Është e dukshme se ai nuk mbante veshje klerikale deri në këtë kohë.

Ndryshe nga babai i tij, Mojtaba ka mbajtur kryesisht një profil të ulët. Ai nuk ka mbajtur kurrë ndonjë post qeveritar, as nuk ka dhënë fjalime publike apo intervista. Vetëm një numër i kufizuar fotosh dhe videosh të tij janë publikuar.

Megjithatë, ka thashetheme të gjata për ndikimin e tij si një rojtar i babait të tij.

Kabllogimet diplomatike amerikane, të cilat u botuan nga WikiLeaks në fund të viteve 2000, e përshkruanin atë si "fuqia pas rrobave", i cili konsiderohej gjerësisht si një "udhëheqës i aftë dhe i fuqishëm" brenda regjimit, sipas Associated Press., transmeton BBC.